Se originaron gracias al descenso de más de 1,000 metros de los ríos Agua Azul o Yax - Ha (en tzeltal) Shumuljá y Tulijá.
El impresionante color que distingue a estas aguas se debe a que la roca calcárea por donde éstas pasan , esta compuesta de varios tipos de sedimentos pero principalmente de carbonato de calcio e hidróxido de magnesio, ambos de color blanco o beige. Cuando la luz penetra en el agua, ésta filtra todos los colores menos el azul que llega al fondo y se refleja de nuevo a la superficie, dando como resultado preciosos tonos azul turquesa.